تعتبر جماعة الإخوان المسلمين الأصل المؤصل لجماعات التكفير كلها، منذ سجن الأكابر منهم بعد أن حرضوا على قتل الرئيس جمال عبدالناصر، فتولد فكر التكفير بينهم في السجن، وداعيه الأول ومنظره سيد قطب الذي نقل عن أبي الأعلى المودودي مؤسس الجماعة الإسلامية في باكستان فكرة الحاكمية التي فرق بها ولا يزال المسلمين حتى اليوم، والتي جعلها أصلا كما زعم للإسلام، يكفر من لم يؤمن بها، ونفي كل ما قيل عن العقيدة عند علماء المسلمين من لون التابعين.
وقد كان حسن البنا مرشد جماعة الإخوان الأول يقول لأتباعه بعد أن استباحوا الدماء: « ليسوا إخوانًا وليسوا مسلمين»، وقد اشتد فكر التكفير بينهم بعد أن أصبح الاغتيال فيهم غاية، وتعددت أحداثه بأيديهم لكل من عارض أفكارهم، رغم رفعهم شعار المظلومية ودعاويهم أنهم ظُلموا في سجون مصر، وإن من حوكموا منهم إنما أريد بمحاكمتهم استئصال شأفتهم بل شأفة الإسلام، ولو كان الأمر كذلك ما بقى من جهلائهم اليوم أحدًا يثير الفتن في كل أرض إسلامية، ولكنه الجهل بالإسلام، والجهل بحقيقة المسلمين، ولا تزال جماعة الإخوان تفتك بالمسلمين وتشيع الفتن بينهم، ألا ترون ما يجري حولكم في أرض المسلمين في كل مكان، في الأردن وفي مصر وفي ليبيا، ألا ترون أنهم يزحفون إلى قطر ويزرعون الخلاف بين أهلها ليثيروا بينهم الفتن، وليجعلوا القتال يستفحل بينهم حتى ظننت أن مبدأهم في الحياة ألا يبقى بلدًا مسلمًا مستقرًا، والغريب أنك لا تجد بلدًا إسلاميًا وعربيًا إلا وقد أسسوا فيه لهم جماعة، ونشروا بين أهله الفتن والبغضاء، بحيث لم يستطع أهله الاجتماع على الحق أبدًا لعدم قدرتهم على التفريق بينهم، وهم على ذلك يجتهدون ولا يرجون شيئًا سواه، ويعلمون يقينًا أن المسلمين كافة لن يرضوا بحكمهم لهم مهما فعلوا ولكنهم لا يرتدعون أبدًا.